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D'abord structurée au sein d'une unité (1972), puis d'un service (1986), la chirurgie pédiatrique digestive s'est dans un premier temps différenciée de la chirurgie générale pour évoluer progressivement, à l'instigation du Pr Jean-Bernard Otte, comme spécialité chirurgicale spécifique.
Le programme de transplantation hépatique pédiatrique initié en 1984 a renforcé ce caractère de spécificité, tout en préservant un large éventail de missions cliniques. L'ouverture d'une Unité d'hospitalisation pédiatrique dédiée aux pathologies digestives en 1990 (ancienne U97, actuelle U92), le programme de greffe hépatique par donneur vivant à partir de 1993, la première greffe pédiatrique foie-intestin en 1999, et l'inauguration du centre de pathologie anorectale de l'enfant en 2000 constituent d'importantes étapes de ce développement.
Actuellement, les missions de soins du service recouvrent les prises en charge suivantes: