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Les endoscopies hautes se font sous anesthésie générale. Le but de l'anesthésie générale est d'éviter la douleur et les réactions de stress. les enfants sont intubés afin de protéger les voies aériennes supérieures.
Il faut être à jeun depuis au moins 8 heures.
L'endoscopie peut durer de 5 minutes à 1 heure selon que la procédure soit diagnostique ou thérapeutique.
L'anesthésie générale, avec les risques qu'elle comporte.
Le risque est celui de toute anesthésie, cependant, il est estimé inférieur à celui d'une endoscopie faite sans anesthésie. Lorsque des biopsies sont prélevées, il existe un risque de saignement local et de faible intensité. Une biopsie peut entraîner un ulcère, voire une perforation digestive, bien que ceci soit extrêmement peu probable.